L’existence de cette église est déjà attestée vers le X^e siècle, mais la date et les circonstances de sa fondation demeurent plutôt obscurs. On ne peut prendre au sérieux l’opinion du chanoine Deudemar selon laquelle elle aurait été construite à l’emplacement d’un temple antique dédié à Mercure et détruit par saint Romain.
Initialement l’antique chapelle était dédiée à saint Clair. Le bénéfice en était à l’abbaye de St-Ouen.
Avec l’extension de la surface urbaine au XII^e siècle, l’église, se retrouvant à l’intérieur de la ville, devint paroissiale.
Cette paroisse était exiguë. Elle s’étendait dans la rue des Bons-Enfants, la rue Dinanderie, la rue Ecuyère et la rue Etoupée.

L’essentiel de la construction devait remonter au XVI^e siècle.
En 1562, l’église subit les ravages des Huguenots.
Avec ses six larges travées reposant sur des colonnes circulaires qui divisaient l’édifice en trois nefs, l’église St-Pierre-l’Honoré, dépourvue de transept, semblait dater en partie du XVI^e siècle. Ce monument représentait l’ultime édifice religieux bâti sur cet emplacement. Le chevet rectangulaire bordait la rue Ecuyère. La voûte de la nef n’était pas très haute. Elle était toutefois en pierre. Le bas-côté nord qui longeait la rue des Bons-Enfants possédait un décor plus fouillé que le côté opposé. Ses clefs de voûtes en étaient sculptées.
Une tour demeurée inachevée avait été édifiée sur la dernière travée en bas du collatéral nord,  en guise de clocher. La fontaine de St-Pierre-l’Honoré, adossée à l’église au croisement des rues, avait été achevée en 1530.
Le cimetière était situé au sud du monument. La façade occidentale s’engageait dans les immeubles voisins. L’entrée principale se trouvait, ce qui est rarissime, en bas du bas-côté nord, sous la tour du clocher. Le pignon occidental était masqué par des constructions profanes.
Fermée définitivement au culte à la Révolution, l’église fut supprimée en 1791. Adjugé le 18 décembre 1792, l’édifice fut vendu à Nicolas Gaspard Faucon, pour 145.000 livres. Il fut dépouillé de ses vitraux puis, par la suite, transformé en un atelier de fonderie de cuivre (Fonderie de cloches St-Pierre). Il servit un temps, vers 1795, de lieu de culte pour les prêtres insermentés. Il a été ensuite utilisé comme fonderie de cuivre.
St-Pierre-l’Honoré fut totalement détruite en 1840-1841. Quelques maisons de rapport, plâtrées, furent bâties sur son emplacement (dans la partie actuelle et élargie de la rue Ecuyère, à l’angle de la rue des Bons-Enfants) et de son ancien cimetière.

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