Les Béguines furent instituée en 1260, sous le règne de saint Louis. Leur établissement était situé dans le coin sud-ouest de la nouvelle enceinte construite à l’époque de saint Louis.
En 1310, après le concile de Vienne, elles obtinrent de nouvelles constitutions données par le roi Philippe le Bel.
Au début du XVe siècle, elles se déplacèrent un peu plus haut dans la ville, lorsque Henri V fit construire le Vieux-Palais.
En 1631, le roi Louis XIII, donna cet établissement à une religieuse de l’abbaye de St-Amand, Marie Goblin, à la condition d’y établir l’ordre des Bénédictines. Atteinte par l’âge, elle laissa sa place à Elisabeth Colbert, religieuse de l’abbaye cistercienne de ST-Saëns.
Grâce à ses puissants appuis, elle fit transférer le prieuré, en 1675, sur la place de la Rougemare, à l’emplacement d’un ancien Jeu de paume.

La vente de l’ancienne implantation lui permit de financer le transfert et l’édification des bâtiments conventuels.
Le monastère avait pris le nom de St-Louis-de-la-Ville pour le distinguer le séminaire de St-Louis (Communauté des vieux-prêtres de Saint-Louis du Val-de-Grâce).
Il reçu en 1742 les bénédictines “Crépines” du couvent St-Hilaire. L’ancienne supérieure, madame Heiss ayant été nommée prieure de St-Louis (voir à Prieuré Hors-le-Pont).
L’église dédiée à la Très-Sainte-Trinité, fut construite grâce à Jacques-Nicolas Colbert ( son frère), coadjuteur et, ensuite, archevêque de Rouen. Le maître d’œuvre en était Charles Chamois, architecte du roi. Elle fut dédicacée en 1683.
La façade de pierre arborait un fronton cintré supporté par des pilastres d’ordre Corinthien ornés de guirlandes de roses et de  grappes de raisin.