Le domaine  de St-Yon a été constitué au début du XV^e siècle. A cette époque, cette partie des faubourgs étaient en pleine campagne, en bordure de la forêt du Rouvray. Le long de ce qui est devenu la rue St-Julien, Eustache de Saint-Yon, maître ordinaire en la Chambre des Comptes de Normandie, avait acquis une terre en 1607. Il y construisit un manoir et c’est de là que vient de nom de “Manoir St-Yon” que portèrent toutes les implantations du secteur. Une modeste chapelle, dédiée à “St-Yon”, fut vraisemblablement bâtie dans ce manoir. Le vaste territoire aux alentours formait le petit fief de Hauteville que possédait, en 1593, le poète Philippe Desportes
En 1670, les Bénédictines de l’abbaye de St-Amand de Rouen l’utilisèrent comme maison de repos à la campagne. La propriété avait été mise à leur disposition par l’une des propriétaires, la veuve du Marquis de Bois-Dauphin. Sa fille, Anne de Souvré, épousa le marquis de Louvois, ministre de Louis XIV, qui débuta sa longue carrière comme secrétaire d’Etat à la Guerre, en 1622. Louvois mourut en 1691 mais la marquise de Louvois, sa veuve, conserva le manoir St-Yon.

En 1705, l’archevêque Nicolas Colbert fit venir à Rouen la congrégation des Frères des Ecoles Chrétiennes. Jean Baptiste de la Salle vint avec quatre frères qui enseignèrent dans des écoles de la ville. Le Premier Président du Parlement, Camus de Pontacarré, voulut qu’ils disposent d’un maison et loua pour cela le manoir de St-Yon. En 1718, la location se transforma en achat, madame de Louvois étant décédée.
Les Frères de la Doctrine Chrétienne furent vite réputés pour la tenue de leurs écoles. Ils firent de St-Yon la maison-mère de l’ordre et y transférèrent le noviciat de l’Institut des Ecoles Chrétiennes qu’ils avaient initialement créé à Paris. En 1771, à la suite d’un long conflit interne à l’ordre, le titre de maison mère fut repris par la maison parisienne.
La maison de Rouen était avant tout un établissement d’enseignement. Une section, la maison St-Lazare, reçu des jeunes détenus incarcérés par lettre de cachet du roi.
L’église de la communauté avait été construite par les Frères eux-même, pratiquement sans main-d’œuvre extérieure. Le chantier fut rondement mené, de la conception à la réalisation. Du 7 juin 1728, date de la pose de la première pierre, au 17 juillet 1734, pour édifier ce monument original.
La façade était formée d’un portique avec niches, composé de colonnes doriques et ioniques superposées. Le tout surmonté d’un fronton cintré. Des sculptures du rouennais Marin-Nicolas Jaddoulle (1736-1805) sont venu plus tard l’orner.
La dépouille de Jean Baptiste de la Salle, Inhumé temporairement dans l’église St-Sever y fut transportée.
En 1790, les frères refusèrent de prêter le serment civique imposé par les révolutionnaires. Ils furent chassés du manoir St-Yon en 1792.
L’église St-Yon a été succursale paroissiale de St-Sever entre 1802 et 1806, puis, en attendant la fin de la construction de l’église St-Clément, entre 1868 à 1870.
La propriété fut confisquée et transformée en prison révolutionnaire, en arsenal. En 1808, elle devint dépôt de mendicité. Elle fut ensuite hospice et asile d’aliénés. L’église servit de chapelle, desservie par un aumônier.